Farmaceutski odsek pri Medicinskom fakultetu Beogradskog univerziteta osnovan je 24. oktobra 1939. U samostalnu visokoškolsku ustanovu Farmaceutski fakultet prerasta 19. oktobra 1945. godine. Dugi niz godina nastava na fakultetu se odvijala u objektima Medicinskog fakulteta, a od septembra 1991. godine Farmaceutski fakultet dobija svoju zgradu u ulici Vojvode Stepe 450.
Od osnivanja pa do kraja 2007. godine na Farmaceutskom fakultetu diplomiralo je 9.284 studenata, završilo specijalizaciju 1.788 kandidata (1.176 specijalizacija za potrebe zdravstva), odbranjeno je 286 magistarskih teza i 239 doktorskih disertacija.
Pored svoje matične delatnosti visokoškolske ustanove, Faramaceutski fakultet obavlja obrazovne, naučne, zdravstvene, stručne i izdavačke poslove, kao i bibliotekarsku i muzejsku aktivnost. Muzej istorije farmacije je registrovan kao zvanični muzej grada Beograda.
Stručne aktivnosti nastavnika i saradnika povezane su sa intenziviranjem saradnje sa kolegama iz prakse, ali i sa boljim kvalitetom i većim obimom poslova koje Fakultet obavlja po osnovu ugovora o poslovno-tehničkoj saradnji sa privrednim subjektima.
Farmaceutski fakultet je član Internacionalnog udruženja farmaceuta (International Pharmaceutical Federation, FIP), a od 2002. godine i Evropske asocijacije farmaceutskih fakulteta (European Association of Faculties of Pharmacy, EAFP).
Misija Farmaceutskog fakulteta kao visoko-obrazovne ustanove je da obrazuje i osposobi stručnjake kompetentne za sve aspekte leka i rad u kliničkom laboratorijama, kao i za pružanje odgovarajućih usluga u svim domenima farmaceutske delatnosti, što sveukupno doprinosi unapređenju zdravstvenog sistema.